1970년대 중반 이후 KIST의 국방기술 연구개발은 개별적, 산발적으로 이루어지다가 정부의 민군기 술협력 정책에 부응하기 위하여 보다 구체화된 사업 추진체계가 필요하게 되었다. 이에 따라 KIST는 2010년 8월 국방과학기술기획단을 설치한 후, 같은 해 12월 원장 산하의 안보기술개발단으로 재편하였으며 2021년 7월에는 재난안전 분야 임무를 추가하여 현재의 안보‧재난안전기술단으로 개편하였다.
안보‧재난안전기술단은 예비역 장성, 예비역 영관급 장교와 행정지원 인력으로 구성되었으며, 다분야 종합연구기관인 KIST의 특성을 반영하여 분야별 전문가를 안배한 안보기술 겸무연구원 수십 명을 별도로 임명하였고 육해〮공 각 군에서 민군기술협력 장교를 파견받아 운영하고 있다. 안보‧재난안전기술단은 정부출연연구기관 등이 보유하고 있는 민간의 우수한 과학기술 역량을 국방력 강화에 접목시킬 수 있도록 지원하는 종합 창구로서의 역할을 수행하고 있다. 이러한 민군기술 협력 전담조직은 국내 출연(연)과 대학을 통틀어 최초의 사례로서 국방기술 연구개발 추진과정에서 KIST의 경쟁력을 확보함은 물론 국내 민군기술협력 추진체계의 모델이 되었다.

• 설립 : 2010.08. 출연(연) 최초 민군기술협력 전담조직 국방과학기술기획단 설립
• 개편 : 2010.12 안보기술개발단
• 개편 : 2021.07 재난안전 분야 임무 추가, 안보‧재난안전기술단
• 목적 : 국가의 과학기술 역량을 국가 방위력 증강에 접목
• 임무/기능 : 출연(연)과 군 현장 중심의 실질적 기술협력 창구

① 국방기술 연구개발
KIST의 원천기술 중 국방 활용성이 높은 기술을 선별하여 국방에 적용하는 사업으로서 최근 대표 사례는 다음과 같다.

특히 KIST는 기관이 보유한 원천기술 중 단기간에 국방 적용이 가능한 기술을 KIST 예산으로 추가 개발하여 국방 활용성을 증강시키는 KIST 고유의 민군기술협력사업인 K-DARPA 실증 적용형 사업을 실시하고 있으며 2018년 착수한 이래 15개 과제를 완료하고 4개 과제를 수행 중이다.

② 민군 협력 시스템 구축
KIST는 민군기술협력 기반을 구축하기 위하여 다음과 같은 활동을 중점 추진하고 있다.
• KIST 및 출연(연) R&D 역량의 대군 홍보, 국방 과학화 인식 제고
• 국방부, 합참 등 국방기관에 대한 기술 자문/심의/평가 활동 수행
• 출연(연)의 국방 R&D 참여 확대를 위한 제도개선 활동

③ 주요 국방기관과의 협력 협정(MOU) 체결내역
그 동안 주요 국방기관과 체결한 협력협정 (MOU) 내역은 다음과 같다.

국책 연구기관으로서의 KIST의 여러 가지 강점 중 국방기술 연구개발에서 타 기관과 차별화되는 비교우위는 다음과 같다.

• 50년 이상의 연구개발 경험과 첨단 기초원천 기술 축적 (현재 유효특허 3,560건)
• 다분야 융복합 연구가 가능한 종합 연구기관 인프라 보유
• 세계적 연구역량 (*톰슨 로이터 선정: 혁신적 글로벌 공공연구기관 2년 연속 6위 (2016, 2017))